De nouveaux virus découverts à l’aide du cloud : la prévention des pandémies s’organise

"La pandémie a créé un chaos mondial en déstabilisant les infrastructures sanitaires et en déréglant l’économie. Les moyens de prévenir une nouvelle pandémie existent aujourd’hui comme le prouve le projet Serratus, une infrastructure de cloud computing open source qui permet la comparaison de séquences à l’échelle du pétaoctet. Grâce à cette dernière, une immense quantité d’informations scientifiques a pu être exploitée à l’aide d’un supercalculateur hébergé dans le cloud et ce, dans un délai limité et à moindre coût.

La technologie a été à la manœuvre pour traiter la pandémie mais elle a échoué à la prévenir. Dès lors que l’on a pu identifier le virus de la COVID, tout s’est accéléré. L’agent pathogène inconnu a été reconstitué en quelques semaines grâce au séquençage haut débit et les tests de dépistage ont été mis au point. Des vaccins ont été créés en un temps record grâce aux techniques d’ARN messager. Mais nous sommes passés à côté du véritable enjeu : éviter cette pandémie en détectant et en identifiant au plus tôt l’agent infectieux en cause. Il est impensable qu’un tel scénario se reproduise. On sait que la plupart des nouvelles maladies contagieuses sont dues à des virus ARN transmis de l’animal à l’homme. Ebola, MERS, SRAS, Zika, des virus de la grippe et le SARS-CoV-2 résultent de cette transmission inter-espèces. Pour identifier les virus connus et inconnus, les chercheurs disposent de gigantesques bases de données dont la taille ne cesse de croitre. Rien que la « Sequence Read Archive » (SRA) contient des millions de giga-octets de séquençage génétique qui permettraient potentiellement de déceler des centaines de milliers de nouveaux virus. Malgré toutes ses connaissances, nous avons découvert trop tardivement ce coronavirus du fait de notre incapacité à exploiter rapidement ces masses de données..." Lire la suite